معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (BLAST)

 

آنچه در برنامه BLAST انجام می شود پیدا کردن جفت قطعاتی مشابهی از توالی است که امتیاز همردیفی آن ها از یک حد آستانه مشخصی بالاتر باشد. این قطعات (HSPs (high-scoring segment pairs نامیده می شوند. برای این کار برنامه BLAST از روش Dynamic Programming استفاده می‌کند. 

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (MMDB و آموزش کار با Cn3D )

تجسم پیچ‌ و خم‌های DNA و ماکرومولکولهای مرموزی چون پروتئین‌ها و درک ویژگی‌های وابسته به این ساختارها، برای انسان بسیار مشکل است. در این زمینه تصاویر سه بعدی بسیار راهگشا و پر فایده هستند. تصاویر و انیمیشن‌های زیادی به همراه نرم‌افزارهای با ارزشی که این تصاویر را نمایش دهند به وجود آمده‌اند که در این فصل به نمونه‌ای از آنها توجه خواهیم کرد. پژوهشگران به روش‌های مختلفی از جمله تابش اشعه ایکس ساختار سه بعدی پروتئین‌ها را مورد بررسی قرار می‌دهند. نتایج حاصل از این پرتونگاری‌ها، اطلاعاتی است که در به تصویر کشیدن این ساختارها مورد نیاز است. یک گروه از پایگاه داده‌ها به نام Structure توسط NCBI تدارک دیده شده است که اطلاعات مربوط به ساختار سه بعدی پروتئین‌ها را در خود نگه می‌دارد. این گروه شامل مواردزیراست 

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (Nucleotide)

از منوی جست و جوی NCBI دیتا بیس Nucleotide را انتخاب می کنیم: 

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (موتور جستجوی Entrez)

یکی از پر استفاده ترین ابزارهای جست و جوی اطلاعات بیولوژی، موتور جست و جوی Entrez است که NCBI آن را ایجاد کرده است. این موتور جست و جو قادر است به طور همزمان، بانک های اطلاعاتیMed Pub، توالی های نوکلئوتیدی(GenBank)، توالی های پروتئینی (protein)، ساختمان پروتئین‌ها(Structure)، ژنوم کامل انسان و بعضی حیوانات، تاکسونومی، پایگاه داده بیماری‌های ژنتیکی (OMIM) و بسیاری موارد دیگر را جست و جو کند 

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (مقدمه)

درک زبان خاموش اما جذاب سلولهای زنده، تلاش بیولوژی مولکولی مدرن است. از یک الفبای ساده چهار حرفی (آدنین، گوانین، سیتوزین، تیمین) دستورالعمل فرآیندهای حیاتی شکل می گیرد که پیچیده ترین بیان و گفتار آن‌ها "انسان" است. حجم فوق العاده زیاد داده های مولکولی و الگوهای مبهم و مرموز آن‌ها ما را بر آن داشته است تا به نیاز مطلق به پایگاه های داده کامپیوتری و ابزارهای تحلیل داده‌ها پی ببریم. تلاش و مبارزه ما یافتن روش های جدید، جهت مدیریت این داده‌ها حجیم و پیچیده است و نیز فراهم کردن بستری جهت دسترسی به ابزارهای کامپیوتری و تحلیل داده هاست تا میراث ژنتیکی خود را بیش تر درک کنیم و نقش آن را در سلامت و بیماری‌ها بیابیم  . 

اندونوکلئاز ها

 

آنزیمهای اندوکلئاز به دو دسته اختصاصی و غیر اختصاصی تقسیم می‌شوند. دسته اول توالی ویژه‌ای را شناسایی کرده و برش می‌دهند که اصطلاحا اندونوکلئازهای محدودکننده نامیده می‌شوند. این نوع آنزیمها از اهمیت ویژه‌ای در کلونینگ DNA بر خوردار می‌باشند. دسته دوم از این آنزیمها به طور تصادفی اسیدهای نوکلئیک را برش می‌دهند. در زیر به معرفی تعدادی از آنزیمهای اندونوکلئاز غیر اختصاصی  پرداخته می‌شود. 

ایزوزیم ها

ایزوزیمها (همچنین به عنوان ایزوآنزیم نیز شناخته میشوند) آنزیمهایی هستند که در ترکیب اسیدهای آمینه تفاوت دارند اما واکنش یکسان شیمیایی را تسریع میکنند. این آنزیم ها معمولا پارامترهای جنبشی متفاوت یا خصوصیت های منظم متفاوت را نشان میدهند (مثل ارزشهای متفاوت در km ). 

ساختار سوم DNA (بخش پایانی)

توپولوژی مولکول DNA:

مکان شناسی یا توپولوژی DNA با استفاده از سه ویژگی Linking Number ،Twist و Write بیان می شود 

ساختار سوم DNA (بخش اول)

ساختار اول DNA شامل ترادف نوکلئوتیدی، ساختار دوم شامل مارپیچ دو رشته ای و ساختار سوم ساختار فراپیچیده یا سوپرکویل است. ساختار سوم در اثر ایجاد فشار، اتصال برخی از پروتئین ها از جمله توپوایزومرها، هیستونها، داروها و شرایط خاص دیگر بوجود می آید. 

تعیین توالی ژنوم گوسفند برای نخستین بار

دانشمندان کد ژنتیکی گوسفندان را با هدف آشکارسازی چگونگی تبدیل‌شدن آن‌ها به گونه‌ای متمایز از بزها رمزگشایی کردند.