معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (موتور جستجوی Entrez)

یکی از پر استفاده ترین ابزارهای جست و جوی اطلاعات بیولوژی، موتور جست و جوی Entrez است که NCBI آن را ایجاد کرده است. این موتور جست و جو قادر است به طور همزمان، بانک های اطلاعاتیMed Pub، توالی های نوکلئوتیدی(GenBank)، توالی های پروتئینی (protein)، ساختمان پروتئین‌ها(Structure)، ژنوم کامل انسان و بعضی حیوانات، تاکسونومی، پایگاه داده بیماری‌های ژنتیکی (OMIM) و بسیاری موارد دیگر را جست و جو کند  .

موتور جست و جوی Entrez از ارتباط تنگاتنگ رکوردها در بانک های مختلف استفاده می کند تا اطلاعات بیولوژی در مورد یک موضوع خاص را از پایگاه داده‌های مختلف بازیابی کرده و در اختیار کاربر قرار دهد. بنابراین Entrez یک پایگاه داده نیست بلکه یک سیستم یکپارچه بازیابی اطلاعات است.
محققین می توانند از این دستور جست و جو بخواهند همه بانک های اطلاعاتی را همزمان جست و جو نماید یا این که جست و جوی خود را محدود به بانک اطلاعاتی خاصی نمایند. در این جزوه نحوه استفاده از این موتور جست و جو را برای شما شرح می دهیم.

جست و جوی همزمان در تمام پایگاه‌های داده

 جهت استفاده از این موتور جست و جو، وب سایت NCBIرا با آدرسwww.ncbi.nlm.nih.gov  باز کنید. در ابتدا، در مورد بخش های این صفحه توضیحاتی ارایه می دهیم. در بالا و سمت چپ این صفحه اینترنتی، لوگوی سایت NCBI را مشاهده می کنید. در زیر این لوگو، نوار سرمه ای رنگی وجود دارد که همواره در پایگاه‌های داده مختلف با شما خواهد بود. بر روی این نوار پر کاربردترین پایگاه‌های داده مانند PubMed و سرویس های مهمی مانند BLAST در دسترس هستند. برای استفاده از پایگاه‌های داده و سرویس‌ها کافی است روی نام آن بر روی این نوار کلیک نمایید. در زیر این نوار سرمه ای، نوار سرمه ای رنگ دیگری وجود دارد که مخصوص انتخاب پایگاه داده و وارد کردن کلمات یا عبارت جست و جو است.

این نوار از سه بخش تشکیل گردیده است. در سمت چپ این نوار منوی کشویی با عنوان Search وجود دارد که لیست پایگاه‌های اطلاعاتی NCBI را در اختیار شما قرار می دهد. گزینه All Databases به صورت پیش فرض برای شما انتخاب گردیده است تا همه بانک‌های اطلاعاتی را جست و جو نماید. با کلیک بر روی فلش رو به پایین این منو آن را باز نمایید. بانک‌های مهمی چون PubMed، Protein، Structrue و Books را در این منو مشاهده می نمایید. در صورتی که بخواهید بانک خاصی را به تنهایی جست و جو نمایید بر روی نام آن بانک کلیک نمایید .جست و جوی همزمان در همه بانک‌ها به وسیله موتور جست و جو Entrez از سه طریق امکان پذیراست: انتخاب گزینه All Database از منوی کشویی با عنوانSearch کلیک بر روی لینک  All Database، در نوار سرمه ای رنگ  کلیک بر روی لینک Enterz Home در ستون راست با عنوان Hot Spots  لینک Enterz Home در قسمت Hot Spot یا گزینه All Database در نوار سرمه ای رنگ بالای صفحه را کلیک نمایید تا به صفحه اصلی Enterz دست یابید.

در بالای صفحه، لوگوی سبز و آبی رنگ Enterz را مشاهده می نمایید. در این صفحه نام پایگاه‌های داده ای که موتور جست و جوی Enterz قادر است همزمان همه آن‌ها را جست و جو نمایید، به چشم می خورد. در بین آن‌هاPubMed، PubMed CentralT،Nucleotide،Structure،Books و Protein پایگاه‌های مشهوری هستند که در این مقاله به آن‌ها خواهیم پرداخت .برای استفاده از این موتور جست و جو، کلمه یا عبارت مورد نظر خود را در کادر جلوی Search across database تایپ، و دکمه Go را کلیک نمایید. قبل از این که این موتور جست و جو را بیش تر بررسی نماییم کمی در مورد تکنیک های جست و جو صحبت خواهیم کرد. این تکنیک‌ها به شما کمک خواهند کرد تا جست و جوی های موفق تری داشته باشید. لازم به ذکر است که این عبارات و تکنیک های ارایه شده تنها در مورد این موتور جست و جو کاربرد دارد و در موتورهای جست و جوی عمومی مانند Google عمل نخواهد کرد. تکنیک های جست و جو بهترین روش مطالعه این سیستم در نظر گرفتن یک مثال است. فرض کنید که بخواهید درباره ژن DCC تحقیق نمایید. کلمه DCC مخففDeleted in Colorectal Cancer  است. این ژن در سرطان روده و معده نقش اساسی دارد. ما علاقه‌مند به مقالاتی هستیم که نویسنده آن Bert Vogelstein  است. این محقق در این زمینه، مقالات متعددی دارد. چنین جست و جوی باید با استفاده از operator و qualifier به صورت مناسبی محدود گردد. این operatorها و qualifier با قرار گرفتن در کنار کلمات کلیدی جست و جو، عبارتی را تشکیل می دهند که به صورت زیر است:
DCCAND"Vogelstein" [AU] عبارت [AU] بعد از نام نویسنده، به Enterz می گوید که این عبارت نام یک نویسنده است و Enterz هنگام ارزیابی عبارت قرار گرفته در گیومه، تنها باید فیلد نویسنده‌ها را در نظر بگیرید. به این عبارت‌ها که درون کروشه قرار گرفته و جست و جو را محدودتر و سریع تر می نماید qualifier می گویند.  

موتور جست و جوی Entrez یک جست و جو بر روی تمام پایگاه‌های داده‌ی زیر نظر خود انجام می دهد و تعداد رکوردهای یافت شده در هر پایگاه را سمت چپ نام آن پایگاه نمایش می دهد. برای مشاهده این رکوردها بر روی عدد سمت چپ این بانک کلیک نمایید. اگر تعداد رکوردهای یافت شده در این قسمت بسیار زیاد باشد می توانید جست و جو را با اضافه کردن کلمات کلیدی بیش تری محدود تر کنید. جست و جو در یک بانک اطلاعاتی خاص علاوه بر جست و جوی همزمان همه بانک ‌ها می توان یک بانک اطلاعاتی خاص را مورد جست و جو قرار داد. در صفحه اصلی NCBI از منوی کشوییSearch، بانک اطلاعاتی مورد نظر خود را انتخاب، و سپس عبارت جست و جوی خود را در کادر جلوی for تایپ کنید و بر روی دکمه Go کلیک نمایید.