آموزش کار با نرم افزار CLC (یافتن توالی های مشترک بین گونه ها)

نرم افزار CLC کاربردهای فراوانی در زیست شناسی مولکولی دارد.
برای دانلود نرم افزار می توانید به اینجا رجوع کنید.
در این مقاله استفاده از این نرم افزار برای یافتن توالی های مشترک در یک ژن مشترک در چند گونه بیان شده است. 

دستور العمل کاربردی کشت سلول و بافت گیاهی

مقدمه

وقتی درباره کشت گیاه صحبت می شود معمولاً منظور کشت گیاهان در گلدان، زیرپلاستیک، گلخانه و یا مزرعه می باشد.
تکثیر رویشی که شامل قلمه زدن، خوابانیدن و پیوند زدن می باشد از دیرباز در کشاورزی اهمیت داشته و از آن در تکثیر گیاهان زراعی، درختان میوه و ... استفاده می شود. البته روشهای تکثیر رویشی در شرایط طبیعی در برخی موارد کارآمد نبوده و روش جدیدی از کشت گیاهان، تحت عنوان کشت سلول و بافت گیاهی معرفی و ارائه شده است.
کشت سلول و بافت گیاهی که با عنوان کشت درون شیشه (invitro ) و یا کشت استریل نیز مطرح می شود و در مورد تمام انواع کشتهای استریل که در شرایط درون شیشه ای انجام می گیرد ، به کار می رود.
در حال حاضر تکنیکهای کشت بافت به عنوان ابزاری قوی جهت مطالعه مشکلات اساسی و کاربردی بیولژی گیاهی در آمده است. علاوه برآن در سالهای اخیر این تکنیک ها کاربردهای تجاری گسترده ای در تکثیر گیاهان مختلف از جمله گیاهان زینتی و دارویی و نیز حذف عوامل بیماریزا از گیاهان پیدا نموده است.  

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (OMIM)

این پایگاه داده را که مربوط به اطلاعات پزشکی است می توان از بین دیتابیس های NCBI باز کرد. 

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (BLAST)

 

آنچه در برنامه BLAST انجام می شود پیدا کردن جفت قطعاتی مشابهی از توالی است که امتیاز همردیفی آن ها از یک حد آستانه مشخصی بالاتر باشد. این قطعات (HSPs (high-scoring segment pairs نامیده می شوند. برای این کار برنامه BLAST از روش Dynamic Programming استفاده می‌کند. 

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (MMDB و آموزش کار با Cn3D )

تجسم پیچ‌ و خم‌های DNA و ماکرومولکولهای مرموزی چون پروتئین‌ها و درک ویژگی‌های وابسته به این ساختارها، برای انسان بسیار مشکل است. در این زمینه تصاویر سه بعدی بسیار راهگشا و پر فایده هستند. تصاویر و انیمیشن‌های زیادی به همراه نرم‌افزارهای با ارزشی که این تصاویر را نمایش دهند به وجود آمده‌اند که در این فصل به نمونه‌ای از آنها توجه خواهیم کرد. پژوهشگران به روش‌های مختلفی از جمله تابش اشعه ایکس ساختار سه بعدی پروتئین‌ها را مورد بررسی قرار می‌دهند. نتایج حاصل از این پرتونگاری‌ها، اطلاعاتی است که در به تصویر کشیدن این ساختارها مورد نیاز است. یک گروه از پایگاه داده‌ها به نام Structure توسط NCBI تدارک دیده شده است که اطلاعات مربوط به ساختار سه بعدی پروتئین‌ها را در خود نگه می‌دارد. این گروه شامل مواردزیراست 

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (Nucleotide)

از منوی جست و جوی NCBI دیتا بیس Nucleotide را انتخاب می کنیم: 

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (موتور جستجوی Entrez)

یکی از پر استفاده ترین ابزارهای جست و جوی اطلاعات بیولوژی، موتور جست و جوی Entrez است که NCBI آن را ایجاد کرده است. این موتور جست و جو قادر است به طور همزمان، بانک های اطلاعاتیMed Pub، توالی های نوکلئوتیدی(GenBank)، توالی های پروتئینی (protein)، ساختمان پروتئین‌ها(Structure)، ژنوم کامل انسان و بعضی حیوانات، تاکسونومی، پایگاه داده بیماری‌های ژنتیکی (OMIM) و بسیاری موارد دیگر را جست و جو کند 

آموزش نرم افزار MEGA 5 جهت آنالیزهای فیلوژنتیکی

نرم افزار MEGA 5 جهت آنالیز فیلوژنتیکی توالی های DNA و پروتئینی و ترسیم درخت فیلوژنتیکی مورد استفاده قرار می گیرد. آموزش استفاده از این نرم افزار جهت استفاده دانشجویان و محققین گرامی در وبلاگ قرار داده شد.