معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (Nucleotide)

از منوی جست و جوی NCBI دیتا بیس Nucleotide را انتخاب می کنیم:  

صفحه سایت به شکل زیر است:

نام ژن مورد نظر را در کادر جست و جو نوشته و جست و جو می کنیم. یافته های حاصل اطلاعاتی در مورد ژن مورد نظر به همراه توالی آن را داراست.

• در اینجا به طور مثال ژن P53 که یکی از ژن های دخیل در ایجاد سرطان سینه است جست و جو شد:
  

اولین لینک را که دارای توالی کامل ژن است باز می کنیم:

توالی ژن را در انتهای صفحه به شکل زیر می بینیم:

در میان اطلاعات نشان داده شده و در کنار نام هر ژن CDS مشاهده می شود که با کلیک بر آن توالی آن ژن در انتهای صفحه رنگی می شود.
و جزئیات آن در سمت راست نمایش داده می شود. در پایین و سمت چپ صفحه کشوی کوچکی وجود دارد که کلمه CDS را در آن می بینیم.
علاوه بر آن می توان توالی های coding یا non-coding را در این پایگاه بررسی کرد.
علاوه بر آن مواردی دیگر نظیر STS یا Misc_feature را هم مشاهده می کنیم.
STS : این کلمه مخفف Sequence Tagged Site می باشد. اینها توالی های کوتاهی (بین 200 تا 500 جفت باز) هستند و روی ژنوم تک اند.جایگاه و توالی آنها کاملا مشخص است. این توالی ها قابل آشکار شدن به وسیله PCR هستند و به خاطر یکتا بودن روی ژنوم از آنها جهت تهیه نقشه ژنتیکی استفاده می شود.
Misc_feature : مربوط به ویژگی های متفرقه توالی یک ژن می شود که در واقع آن توالی را از بقیه متمایز می کند.
مثلا توالی مربوط به ریبوزوم باندینگ پروتئینها یا مثلا جایگاه اتصال ریبوزوم ها ، یا مثلا توالی آغازگر؛ طول آنها متغیر است و خاص هر توالی می باشد.