بیوانفورماتیک ابزارى براى تحلیل حیات در سطح مولکولى

وظیفه اصلى بیوانفورماتیک طراحى سیستم هاى کامپیوترى و مدل هاى ریاضى براى نگهدارى، مدیریت و تحلیل داده هاى بیولوژیکى است. ابزارهاى بیوانفورماتیکى در آینده قادر خواهند بود که با دانستن یک توالى ژنى، نحوه بروز صفت در سلول زنده را توصیف کنند.  

آموزش تصویری طراحی پرایمر با نرم افزار الیگو (Oligo)

اولین قدم در طراحی یک پرایمر یافتن توالی ژن مورد نظر است.می توان با استفاده از پایگاه داده NCBI و در Nucleotide با جست و جوی نام ژن در این پایگاه توالی ژن را به دست آورد. (برای آموزش جستجو در دیتابیس ها به مقالات بیوانفورماتیک در همین وبلاگ مراجعه کنید). 

آموزش کار با نرم افزار CLC (یافتن توالی های مشترک بین گونه ها)

نرم افزار CLC کاربردهای فراوانی در زیست شناسی مولکولی دارد.
برای دانلود نرم افزار می توانید به اینجا رجوع کنید.
در این مقاله استفاده از این نرم افزار برای یافتن توالی های مشترک در یک ژن مشترک در چند گونه بیان شده است. 

ژن های کاذب: بیومارکرهایی برای سرطان

ژن های کاذب که فاقد عملکردند و به نظر می رسد کاربردی ندارند خویشاوندان ژن هایی هستند که توانایی خود را جهت کد کردن پروتئین ها از دست داده اند. آن ها شامل مواد ژنتیکی هستند که برای بقای جاندار ضروری نیستند. 

ایجاد آواتار سرطان

محققان با استفاده از یک روش جدید محاسباتی، مدل‌های مجازی از سلول‌های تومور را ایجاد کردند که خودشان آن را آواتارهای سرطان می‌نامند. این آواتارها واقعاً چه چیزی را در مورد سرطان به ما می‌گویند؟ 

معرفی پایگاه های داده بیوانفورماتیکی (مقدمه)

درک زبان خاموش اما جذاب سلولهای زنده، تلاش بیولوژی مولکولی مدرن است. از یک الفبای ساده چهار حرفی (آدنین، گوانین، سیتوزین، تیمین) دستورالعمل فرآیندهای حیاتی شکل می گیرد که پیچیده ترین بیان و گفتار آن‌ها "انسان" است. حجم فوق العاده زیاد داده های مولکولی و الگوهای مبهم و مرموز آن‌ها ما را بر آن داشته است تا به نیاز مطلق به پایگاه های داده کامپیوتری و ابزارهای تحلیل داده‌ها پی ببریم. تلاش و مبارزه ما یافتن روش های جدید، جهت مدیریت این داده‌ها حجیم و پیچیده است و نیز فراهم کردن بستری جهت دسترسی به ابزارهای کامپیوتری و تحلیل داده هاست تا میراث ژنتیکی خود را بیش تر درک کنیم و نقش آن را در سلامت و بیماری‌ها بیابیم  . 

پایگاه های اطلاعاتی مفید در زمینه ی miRNA

miRBase: http://www.mirbase.org
بانک اطلاعاتی   miRBaseبانکی قابل جستجو از  توالیهای miRNA منتشر شده و موقعیت یابی شده می باشد. هر ورودی جدید در بانک توالی miRBase نشان دهنده یک قسمت سنجاق سری پیشگویی شده از رونوشت  miRNA (تحت عنوان mir) به همراه اطلاعات مکانی و توالی miRNA بالغ (تحت عنوان miR) می باشد. هر دو توالی سنجاق سری و بالغ جهت جستجو و بررسی قابل دسترس می باشند، ورودیها همچنین می توانند به کمک نام، کلمه کلیدی، منابع و موقعیت ژنومی دستیابی شوند. تمامی اطلاعات مربوط به توالی ها و موقعیت ژنومی آنها نیز قابل دانلود شدن هستند. 

اهداف بیوانفورماتیک

۱- تحلیل توالى هاى ژنوم

هدف اولیه بیوانفورماتیک طراحى روش هاى استخراج، نگهدارى، پردازش و تحلیل تعداد بسیار زیادى از توالى ها بود. رسیدن به این هدف، براى محققان علوم زیستى دستاورد عظیمى به شمار مى رود.