معرفی چند پایگاه اطلاعات زیستی مفید

 

miRBase: http://www.mirbase.org
بانک اطلاعاتی   miRBaseبانکی قابل جستجو از  توالیهای miRNA منتشر شده و موقعیت یابی شده می باشد. هر ورودی جدید در بانک توالی miRBase نشان دهنده یک قسمت سنجاق سری پیشگویی شده از رونوشت  miRNA (تحت عنوان mir) به همراه اطلاعات مکانی و توالی miRNA بالغ (تحت عنوان miR) می باشد. هر دو توالی سنجاق سری و بالغ جهت جستجو و بررسی قابل دسترس می باشند، ورودیها همچنین می توانند به کمک نام، کلمه کلیدی، منابع و موقعیت ژنومی دستیابی شوند. تمامی اطلاعات مربوط به توالی ها و موقعیت ژنومی آنها نیز قابل دانلود شدن هستند. 

 

 نرم افزارهای آنلاین برای پیش بینی microRNA  انسانی

SSC profiler: http://mirna.imbb.forth.gr/SSCprofiler.html
SSC profiler  (برگرفته شده از توالی, Sequence  ساختار Structure  و حفاظت شدگی   (Conservation با استفاده ازمختصات ژنوم انسانی (نسخه- hg17) عمل می کند. با انتخاب شماره کروموزم و نوکلئوتیدهای ابتدایی و انتهایی، بررسی ناحیه ژنومی خاصی برای ژن های miRNA امکان پذیرمی باشد. SSC profiler همچنین لینکی را به نقشه بیانی  RNAبدست آمده در ریز آرایه tilling کل ژنوم ارائه می دهد.

Mipred: http://www.bioinf.seu.edu.cn/miRNA
گزارش شده که ژن های miRNA در توالی های اولیه و ساختارهای ثانویه محافظت شده اند. اگر چه روشهای بر پایه ژنومیک مقایسه ای تکنیکهای مهمی را برای پیشگویی miRNAهای جدید فراهم می کند اما قادر به تشخیص miRNAهای جدیدی که هیچ هومولوژی شناخته شده نزدیکی  ندارند نمی باشد. بنابراین تقاضا برای روش های پیش گویی ابتدا به ساکن miRNAها بسیار بالا است. این یک واقعیت است که تقریبا همه pre-miRNA ها ساختاری سنجاق سری دارند. ازاین رو این ساختار سنجاق سری کلید اصلی در پیشگویی ابتدا به ساکن pre-miRNAها می باشد. MiPred تعیین می کند که آیا توالی RNA وارد شده یک توالی  شبه pre-miRNA  سنجاق سری است یا خیر. اگر توالی مورد نظر یک شبه pre-miRNA سنجاق سری باشد، RF classifier پیش بینی می کند که آیا این ساختار یک pre-miRNA واقعی و یا کاذب است.

mirEval: http://tagc.univ-mrs.fr/mireval
mirEval می تواند توالی های تا ۱۰۰۰۰ نوکلئوتیدی را برای بررسی امکان حضور microRNAهای جدید در موجودات متعددی جستجوکند. این نرم افزار یک ابزار جامع، با سهولت در بکارگیری وحاوی اطلاعات بسیار است.

Microprocessor SVM: http://demo1.interagon.com/miRNA/cgi-bin/MicroprocessorSVM.cgi
این نرم افزارمحتمل ترین ناحیه  پردازش Drosha را  برای توالی microRNA اولیه یا pre-miRNA پیش بینی  می کند.

CID-miRNA: http://mirna.jnu.ac.in/cidmirna
CID-miRNA توالی مورد نظر را در محیط اینترنتی برای تعیین حضور پیش سازهای احتمالی miRNA تجزیه و تحلیل کرده و خروجی ایجاد شده کلیه نواحی با توانایی تشکیل ساختارهای شبه miRNAای بالقوه را لیست می کند. این نرم افزار همچنین می تواند توالیهای ژنومی بزرگ را  برای بررسی امکان حضور مستقل پیش سازهای بالقوه miRNA اسکن نماید.

MatureBayes: http://mirna.imbb.forth.gr/MatureBayes.html
MatureBayes  یک الگوریتم جدید برای شناسایی موقعیت شروع miRNAهای بالغ  تولید شده از پیش سازهای miRNA می باشد. ادعا شده که این ابزار بطور قابل ملاحظه ای دارای عملکرد بهتری نسبت به سایر رویکردهای موجود بوده و بینشهای جدیدی نسبت به استفاده بالقوه از اطلاعات توالی/ ساختاری اختصاصی به عنوان سیگنالهای شناسایی جهت پردازش Dicer  فراهم میکند.

 
 نرم افزارهای آنلاین برای پیشگویی اهداف miRNA

deepBase: http://deepbase.sysu.edu.cn
DeepBase  سکویی برای کشف و موقعیت یابی RNAهای کوچک و طویل غیر کد کننده (microRNA, siRNA, piRNA… ) از میان یافته های تعیین توالی نسل جدید می باشد. DeepBase اجازه نقشه یابی، ذخیره، بازیابی، تجزیه وتحلیل، یکپارچه سازی، نشانه گذاری، استخراج و نمایان سازی نتایج تعیین توالی نسل جدید تولید شده به کمک فناوریهای مختلف در بافتها و رده های سلولی از موجودات مختلف را فراهم می کند. DeepBase همچنین یک شبکه گرافیکی یکپارچه، متعامل و تطبیق پذیری را فراهم می کند تا نتایج چند بعدی را به نمایش گذاشته و تحقیقات ترنسکریپتومی و کشف RNAهای غیر کد کننده جدید را تسهیل نماید.

miRecords: http://mirecords.biolead.org 
miRecords منبعی برای بررسی تعامل هدف-miRNA جانوری می باشد. miRecords شامل دو بخش است: بخش اهداف تایید شده  (Validated Targets)یک بانک اطلاعاتی بزرگ و با کیفیت عالی از اهدافmiRNA  ای است که بصورت آزمایشگاهی و بر پایه مقالات معتبر تایید شده است. بخش اهداف پیش بینی شده  (Predicted      Targets) مجموعه ای ازاهداف  miRNAپیشگویی شده است که توسط ۱۱ برنامه پیشگو کننده هدفهای miRNA بنا شده است.

miRWalk: http://www.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk
بانک اطلاعاتی   miRWalkشامل دو حوزه  می باشد:
حوزه اهداف پیش بینی شده، اطلاعات تعامل هدف-miRNA بر روی توالی کامل همه ژنهای شناخته شده منجمله کلیه ژنهای میتوکندریایی و رونوشت های انسان، موش و موش صحرایی را در خود جای داده است. بعلاوه، این بانک اطلاعات مربوط به تعامل هدف miRNA- پیش بینی شده بر روی ژنهای وابسته به ۴۴۹ مسیر بیولوژیکی انسانی و ۲۳۵۶ ناهنجاری OMIM را فراهم می کند.
حوزه اهداف تعیین اعتبار شده، اطلاعات miRNA های بصورت تجربی تایید شده مرتبط به ژنها، مسیرها، اعضا، بیماریها، رده های سلولی، ناهنجاری های OMIM و مقالات مربوط بهmiRNA ها را در خود جای داده است.

TarBase 6.0: http://www.microrna.gr/tarbase
TarBase 6.0  بزرگترین بانک اطلاعاتی موجود در زمینه اهداف جمع اوری شده بصورت دستی می باشد، که بیش از  ۶۵۰۰ میانکنش بین miRNA- ژن را فهرست کرده است. این بانک اطلاعاتی شامل اهدافی بر گرفته از آزمایشات اختصاصی و نیز تکنیک های کل نگرمانند مایکرواری و پروتئومیکس می باشد.

miRTarBase:  http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw
miRTarBaseبیش از۳۰۰۰ تعامل miRNA- هدف را در خود جای داده است، این اطلاعات به کمک بررسی دستی مقالات مرتبط جمع آوری شده است که خود متعاقب بررسی سیستماتیک متون به منظور فیلتر کردن مقالات تحقیقاتی مرتبط با مطالعات عملکردی miRNAها صورت گرفته است. miRTarBase در مقایسه با سایر بانکهای اطلاعاتی مشابه که قبلا ایجاد شده اند به روزشده ترین مجموعه را ارایه می کند.

GSEA: http://www.broadinstitute.org/gsea/msigdb/collections.jsp
(GSEA) Gene Set Enrichment Analysis یک روش محاسباتی است که تعیین می کند آیا یک گروه از ژنهای قبلا تعیین ماهیت شده تفاوت های آماری معنی دار و هماهنگی را بین دو حالت بیولوژیکی (بطور مثال فنوتیپ) نشان می دهند یا خیر.

IPA: http://www.ingenuity.com/products/pathways_analysis.html
فیلتر عملکردی هدفهای  microRNAجدید IPA ما را قادرمی سازند اهداف mRNA تایید شده و پیش بینی شده را اولویت بندی کنیم. آپلود، تجزیه و تحلیل، اولویت بندی، فیلتر نمودن و به تصویر کشیدن اطلاعات و تعاملmicroRNA-mRNA  همه با یک ابزار واحد صورت می گیرد. همچنین می توان با کمک این ابزار اطلاعات microRNA و  mRNAرا در ادغام با سایر انواع اطلاعات omics و اطلاعات کل نگر دیگر ارتقا داده و تجزیه و تحلیل بیولوژیکی همگرایی را بدست آورد. با کمک IPA در تحقیقات microRNA می توان دانش خود را در باره  موقعیت زیر سلولی، عملکرد خانوده ژنی، وابستگی به داروها و مسیرها و… بالا برد.

miRNATools: https://sites.google.com/site/mirnatools/home
miRNATools تلفیقی از چندین ابزار به منظور تجریه و تحلیل توالی miRNA، تعیین اهدف آنها، و آنالیز نقشهای احتمالی آنها در متابولیسم سلولی می باشد. کاربر می تواند با دنبال کردن شیوه کاربرد برنامه (tutorial) چگونگی استخراج اطلاعات در مورد عملکرد miRNA را با استفاده از مثالهای واقعی و فرضی مشاهده نماید.

DIANA Micro T: http://diana.cslab.ece.ntua.gr/microT
DIANA-microT سروری است که به کمک پیشگویی اهداف microRNAها عملکرد آنها را توضیح می دهد.

MAMI: http://mami.med.harvard.edu
با ارسال لیستی ازmiR های با بیان همزمان، به عنوان مثال  تمامی miR های بیش بیان شده و یا کاهش بیان یافته در یک آزمایش، می توان عملکردهای بیولوژیکی، فرایندها، مناطق داخل سلولی، ارتباط با بیماریها، مسیرهای بیولوژیکی، برهم کنش های پروتئین- پروتئین، دومین های عملکردی و همولوژی مابین تمامی ژنهای کد کننده هدف را شناسایی کرد.

microRNA: http://www.microrna.org/microrna/home.do
سایت microRNA.org منبع جامعی از پروفایلهای بیانی و پیشگوی کننده اهداف microRNA است. پیشگویی  اهداف microRNA بر پایه استفاده از الگوریتم ارتقا یافته miRanda استوار است که دانش بیولوژیکی کنونی در مورد اصول هدف یابی را با لیست به روز شده ای از microRNAهای پستانداران  در هم می آمیزد. نواحی هدف پیش بینی شده توسط miRanda برای تعیین احتمال کاهش بیان mRNA به کمک mirSVR ، یک مدل اولیه که برای توالی و دیگرخصوصیات مرتبط با دوبلکس miRNA:mRNA پیش بینی شده آموزش دیده، امتیاز داده می شود.

mirTAR: http://mirtar.mbc.nctu.edu.tw/human
miRTar ابزاری است که زیست شناسان را قادر می سازد به سادگی عملکردهای بیولوژیکی و ارتباطات تنظیمی میان یک گروه از miRNAهای شناخته شده/بالقوه و ژنهای کد کننده پروتئین را شناسایی کنند. این نرم افزارهمچنین  نمایشی از اطلاعات در زمینه هدفهای miRNA بر روی رونوشت های با پردازش متناوب ارائه می دهد.

TargetScan: http://www.targetscan.org
TargetScan هدف های بیولوژیکی miRNAها را به کمک جستجوی حضور نواحی ۸-۷ تایی حفاظت شده ای که با ناحیه seed هر miRNA  جفت می شود، پیشگویی می کند. به عنوان یک گزینه، نواحی غیر حفاظت شده نیز پیش گویی می شود. همچنین نواحی دارای جفت شدگی ناکامل در ناحیه seed به واسطه جبران جفت شدگی حفاظت شده در  ناحیه ۳ شناسایی می شوند. در پستانداران، پیش گویی ها بر اساس درجه دقت در هدف یابی رتبه بندی می شود. به عنوان یک گزینه دیگر، پیش گویی ها بر اساس احتمال هدف یابی حفاظت شده (PCT) آنها رتبه بندی می شوند.

miRFocus: http://pepcyber.org/mirfocus
miRFocus به محققین حیطه miRNA کمک می کند تا در استخراج اطلاعات صرفه جویی در وقت داشته باشند، زمانی که یافته های miRNA بوسیله فراهم سازی دستورالعملی جهت تجزیه و تحلیل عمیق مسیرهای – miRNA ژن هدف و موقعیت یابی miRNAهای مرتبط با آن بدست آمده باشند.