آموزش کار با نرم افزار CLC (یافتن توالی های مشترک بین گونه ها)

نرم افزار CLC کاربردهای فراوانی در زیست شناسی مولکولی دارد.
برای دانلود نرم افزار می توانید به اینجا رجوع کنید.
در این مقاله استفاده از این نرم افزار برای یافتن توالی های مشترک در یک ژن مشترک در چند گونه بیان شده است.  
همانطور که میدانید در صورتیکه بخواهیم برای یک ژن در چند گونه یک پرایمر را طراحی کنیم با توجه به اختلاف توالی هایی که گونه های مختلف با هم دارند بایستی ابتدا توالی مشترک را شناسایی کنیم. در این گزارش روش این کار بیان شده است.
* موضوع این گزارش یافتن توالی های مشترک برای ساخت پرایمر برای ژن P53 که اختلال آن موجب سرطان سینه می شود، در چند جاندار ( انسان ، نوعی ماهی کشنده و یک نوع گاو وحشی ) است.

نرم افزار CLC :
اگر بخواهیم برای چند ژن طراحی پرایمر انجام دهیم، یعنی مثلا یک ژن در چند گونه مشترک باشد ، از این نرم افزار استفاده می کنیم.
نرم افزار را باز می کنیم:

مراحل کار بدین ترتیب است که توالی ژن های هر چند جاندار را به طور جداگانه وارد برنامه می کنیم.

سپس فایلها را ذخیره می کنیم. برای ذخیره فایلها، آن ها را می بندیم؛ در هنگام بستن فایل، پیغام ذخیره توسط برنامه داده می شود.
فایلها را در CLC Data ذخیره می کنیم.

حال باید توالی های مشترک بین ژنها را پیدا کنیم. برای این کار از منوی Toolbox ، Alignments and trees و از گزینه های آن Create Alignment را انتخاب می کنیم.
مطابق شکل عمل می کنیم:

با این کار صفحه جدیدی باز می شود که می توان در آن فایلهای ذخیره شده را در Selected elements وارد کرد.

سپس گزینه Next را انتخاب می کنیم و در صفحه جدید تنظیمات Gap و همچنین دقت توالی یابی را تنظیم می کنیم. برای این که جست و جو سریع تر پیش رود می توان دقت کمتر آن را انتخاب کرد. پس از آن با انتخاب مجدد گزینه Next صفحه دیگری باز می شود که در آن می توان انتخاب کرد که نتیجه مورد نظر نمایش داده شود یا ذخیره گردد. که در اینجا گزینه Open برای نمایش فایل انتخاب شد.
در نهایت کار را با انتخاب finish تمام می کنیم.

با زدن دکمه finish صفحه جدیدی باز می شود که در آن توالی های هر سه جاندار ( انسان، ماهی کشنده و نوعی گاو ) نمایش داده شده و توالی های مشترک آنها رنگی شده است. میزان درصد شباهت هر قسمت از توالی در زیر آن نوشته شده ، همچنین درصد میزان همپوشانی را می توان از روی نمودارهای Conservation مشاهده کرد ؛ توالی تمام بخش های دارای همپوشانی یا بودن همپوشانی با کلمه Consensus مشخص می شود، البته توالی که نشان می دهد مطابق با RNA است و به جای بخشهای تیمین ژن ، یوراسیل دارد. بخشهایی که با هم همپوشانی ندارند با حرف N مشخص شده است.

سپس با راست کلیک روی گزینه Consensus و انتخاب گزینه موجود، می توان به طور جداگانه توالی های Consensus را در پایین صفحه دید.

در شکل بخشهای برش با آنزیم های محدود کننده مشخص شده است. همچنین شماره های نوکلئوتیدها به صورت 20 تا 20 در بالای توالی نشان داده شده است.

با راست کلیک روی توالی ، و انتخاب گزینه Select Sequence تمام توالی را انتخاب می کنیم.

توالی را کپی می کنیم.

حال توالی کپی کرده را در برنامه الیگو وارد می کنیم و با انتخاب بخشی بدون توالی N و با انتهای غنی از GC طراحی پرایمر را مانند آنچه در لینک زیر توضیح داده شده است انجام می دهیم:

آموزش تصویری طراحی پرایمر با نرم افزار الیگو (Oligo)